1992年底，孔繁森第二次调藏工作期满，西藏自治区党委决定任命他为阿里地委书记，这一任命意味着孔繁森将继续留在西藏工作。面对人生之路又一次重大选择，他毫不犹豫地服从了党的决定、人民的需要。
阿里地处西藏西北部，平均海拔4500米，被称为“世界屋脊的屋脊”。这里地广人稀，常年气温在零摄氏度以下，最低温度达零下40多摄氏度，每年7级至8级大风占140天以上，恶劣的自然环境、艰苦的生活条件使许多人望而却步。
可是，1993年春天，年近50岁的孔繁森赴任阿里地委书记后，在不到两年的时间里，全地区106个乡他跑遍了98个，行程达8万多公里，茫茫雪域高原到处都留下了他深深的足迹。在孔繁森的勤奋工作下，阿里经济有了较快的发展。1994年，全地区国民生产总值超过1.8亿元，比上年增长37.5%;国民收入超过1.1亿元，比上年增长6.7%。他为了制定把阿里地区的经济带上新台阶的规划，准备在最有潜力的边贸、旅游等方面下工夫。为此，他带领有关部门，亲自到_塔城进行边贸考察。1994年11月29日，他完成任务返回阿里途中，不幸发生车祸，以身殉职，时年50岁。
在孔繁森的葬礼上，悬挂着一副挽联，形象地概括了孔繁森的一生，也道出了藏族人民对他的怀念：“一尘不染，两袖清风，视名利安危淡似狮泉河水;两离桑梓，独恋雪域，置民族团结重如冈底斯山。”
人们在料理孔繁森的后事时，看到两件遗物：一是他仅有的8元6角钱;一是他去世前4天写的关于发展阿里经济的12条建议。这就是孔繁森留下的遗产，体现出一名共产党员的高尚情怀。
20__年9月10日，在中央宣传部、中央组织部、中央统战部、中共中央文献研究室、中央研究室、民政部、人力资源社会保障部、全国总工会、共青团中央、全国妇联、解放军总政治部等11个部门联合组织的“100位为新中国成立作出突出贡献的英雄模范人物和100位新中国成立以来感动中国人物”评选活动中，孔繁森被评为100位“新中国成立以来感动中国人物”之一。
工作组赴_塔城地区考察时，不幸以身殉职。为纪念孔繁森、发扬孔繁森的无私奉献的精神，中共聊城地委、聊城地区行署，中共西藏自治区党委，中共山东省委、山东省人民政府，先后作出向孔繁森同志学习的决定。《人民日报》发表《向孔繁森同志学习》的社论。书记政治局常委、国务院总理李鹏，中共中央政治局常委、全国人大常务委员会委员长乔石，先后为孔繁森题词，对孔繁森同志给予极高的评价。中共中央组织部追授孔繁森“模范共产党员”“优秀领导干部”的称号。
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